Когда вы купили микроконтроллер в радиомагазине, достаточно подать питание и можно его использовать. Для многих задач заводских настроек бывает достаточно, но если от МК необходима максимальная производительность, придется использовать внешний тактовый генератор, или кварц. Для того чтобы микроконтроллер узнал, как ему работать – от внутреннего тактового генератора с определенной частотой, или от кварца, необходимо с помощью программатора его настроить. При настройке как раз и изменяются FUSE биты, каждый из которых отвечает за определенные режимы работы микроконтроллера. Можно, например, запретить прошивку микроконтроллера в целом, запретить стирание EEPROM, включать и отключать таймеры. На первый взгляд всё просто – посмотрел даташит, выставил нужные фьюзы и всё – можно работать. На деле всё оказывается немного сложнее.